Linuxカーネルのタイマが動かなくて何が起きているのか調べていたら、単にIntel Xeon E7-8890(Broadwell)のエラッタにはまっていたというオチでした。
詳細はXeon E7 V4 Spec updateのBDF89: APIC Timer Interrupt May Not be Generated ad The Correct Time In TSC-Deadline Modeに。
RHELカーネルの初期設定ではTSCをdeadlineモードで使用していて(これ自体は珍しくはない)、BroadwellはDeadline timerが期待通りの時間に発火しない場合がある、ということです。
普通はBIOSに入れてあるマイクロコードの修正で対策するということなのですが今まさにBIOSを作っているということなので、さて。